بدون شک مهم­ ترین و پرکاربردترین روش جداسازی، روش "کروماتوگرافی" است. کروماتوگرافی (Chromatography)، بوسیله یک گیاه شناس روسی به نام تسوت، در اوایل قرن بیستم (1903) کشف شد. او از این تکنیک برای جداسازی رنگدانه­ های مختلف گیاهی مانند کلروفیل‌ها و گزانتوفیل‌ها استفاده کرد. روش ­های کروماتوگرافی بر پایه دو مفهوم کلی دسته بندی می­ شوند: در روش اول، جداسازی بر اساس مفاهیم فیزیکی صورت گرفته و شامل دو گروه کروماتوگرافی ستونی (Column) و کروماتوگرافی سطحی (Thin Layer) است. اساس نام گذاری در دسته بندی دوم که مرسوم‌­تر است، نوع فاز متحرک، فاز ساکن و همچنین نوع تعادل ایجاد شده بین دو فاز است. این دسته شامل دو گروه کلی کروماتوگرافی مایع (فاز متحرک مایع ) و کروماتوگرافی گازی (فاز متحرک گاز) است که جداسازی اجزای تشکیل دهنده­ ی نمونه  بر اساس تمایل و برهم کنش گونه ­ها به  فازهای ساکن و متحرک انجام می ­شود.